Подскажите пожалуйста, как размещать "стрелки" заданий на карте с неравными сторонами.
Карт с неравными сторонами лучше не делать вообще. Потому что, по непонятным причинам движка, при выходе из игры исчезают все "прелести" такие как воронки и места уничтоженной техники. если выйти, а потом снова войти в игру, уже не увидите, какую площадь отбомбили или обстреляли из артиллерии. карта будет чистой от этих объектов.
Меня так научили выяснять координаты стрелочек на карте и я считаю этот способ лучше других:
Для этих целей у меня установлен Irfan wiewer. Нужно в редакторе нажать кнопку Create
при этом в том месте где карта создастся много файликов, открываем Ирфан вьюером файл TGA в котором есть слово LARGE, наводим курсор на нужное место и зажимаем ЛКМ. На месте курсора будет крестик, а в самом верху окна координаты, 
которые и нужно вписать в "хмель" (ну, наверняка и сами уже знаете куда)